Ghost in the Shell est un manga futuriste cyberpunk se déroulant aux alentours des années 2030. Le personnage principal est un agent qui fait partie d’une Section 9, force spéciale de la police. C’est une femme cyborg dotée d’un Ghost (un esprit Humain) du nom de Motoko Kusanagi. La trame principale du manga ainsi que celle du film, raconte la traque d’un cybercriminel connu sous le nom de Puppet Master, qui prend le contrôle de l’esprit d’un humain par l’intermédiaire du Réseau Numérique mondial. Alors que l’enquête progresse, la section 9 finit par découvrir que le criminel n’est pas une personne physique, mais une intelligence artificielle (IA), ayant acquis pour la première fois au monde, une conscience. Le désir de Puppet Master est de réussir à s’incarner dans un corps d’androïde et de se reproduire. Il ne souhaite pas se dupliquer comme un simple virus (toujours identique et donc vulnérable) mais bien donner naissance à une nouvelle forme de vie. C’est pourquoi il sollicite Motoko Kusanagi pour fusionner leurs ghosts et ainsi créer un être nouveau et unique.
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